Do Koszalina przyjechał w 1968 r. Rozpoczął pracę w Wyższej Szkole Inżynierskiej (obecnie: Politechnika Koszalińska). W latach 1978-1981 był rektorem WSI, a w latach 1990-1996 – dziekanem Wydziału Budownictwa i Inżynierii Środowiska Politechniki Koszalińskiej.

Po latach o pełnieniu przez siebie funkcji rektora mówił: „Postawiłem na podniesienie poziomu kwalifikacji kadry naukowej i wszystkich działań prowadzonych przez szkołę, co miało doprowadzić do przekształcenia w nieodległej przyszłości Wyższej Szkoły Inżynierskiej w Politechnikę Koszalińską. Wiedziałem, że jest to możliwe. Za istotne uważam rozpoczęcie – i tak już wtedy mocno opóźnionej – budowy drugiego kampusu – przy ówczesnej ulicy Gdańskiej, a obecnie Śniadeckich”.

Podstawowe prace prof. Jana Filipkowskiego dotyczyły teorii konstrukcji budowlanych i jej zastosowań. Był autorem wielu zrealizowanych rozwiązań konstrukcyjnych budowli o dużych rozpiętościach. Zaprojektował dach amfiteatru koszalińskiego, co uważał za swoje największe osiągnięcie oraz przykrycie sztucznego lodowiska w Bydgoszczy.

Jego badania obejmowały dwuwymiarowe zagadnienia teorii naprężeń cieplnych; praktyczne metody obliczania konstrukcji wiszących i ich zastosowanie w projektowaniu; wykonawstwo unikatowych przykryć wiszących o dużych rozpiętościach; teoretyczne podstawy analizy dynamicznej fundamentów blokowych posadowionych na podłożu gruntowym.

Był członkiem Sekcji Mechaniki Konstrukcji Komitetu Inżynierii Lądowej i Wodnej Polskiej Akademii Naukowej i Polskiego Towarzystwa Mechaniki Teoretycznej i Stosowanej. Autorem ponad 70 prac, laureatem kilkunastu nagród indywidualnych i zespołowych. Za swoje hobby uważał majsterkowanie.

„Majsterkuję od najmłodszych lat – mówił. – Lubię to. Miałem nawet warsztat stolarski. Inżynier musi umieć porządnie wbić gwóźdź. Wszystko, co robię jest pewnego rodzaju konstrukcją”.

Od kilkunastu lat był na emeryturze, lecz uczył studentów, o których mówił: „Lubię młodych ludzi. Od sześćdziesięciu lat uczę. Nie wyobrażam sobie braku kontaktu ze studentami”. W pracy prof. Jan Filipkowski jest perfekcjonistą, który nie uznawał drogi na skróty. Tego samego uczył swoich studentów.

Na przełomie 2019/2020 roku Studio HD Platon Politechniki Koszalińskiej zrealizowało film dokumentalny o prof. Janie Filipkowskim, który miał premierę podczas Święta Uczelni online w 2020 r. Materiał dostępny jest na kanale YouTube studia: https://www.youtube.com/watch?v=nEQLzGDnJZM