Na czele uczelni stoi rektor wybierany maksymalnie na dwie czteroletnie kadencje. Mianuje on prorektorów (ds. nauki, kształcenia oraz studenckich), dziekanów poszczególnych wydziałów oraz prodziekanów (ds. kształcenia oraz ds. studenckich) 

Od września 2020 roku rektorem Politechniki Koszalińskiej jest dr hab. Danuta Zawadzka, prof. PK. Więcej informacji tutaj